Obra fundamental de la arquitectura Manuelina, el Monasterio de los Jerónimos había sido encargado por el rey D. Manuel I, poco despues de Vasco da Gama haber regresado de su viaje a India. 
La obra se inició en 1502 con varios arquitectos y constructores, entre ellos Diogo Boitaca (plano inicial y parte de la ejecución) y João de Castilho (bóvedas de las naves y del transepto, pilares, puerta sur, sacristia y fachada). En el reinado de D. João III se ha ido añadiendo el coro alto.

Su nombre deriva del hecho de haber sido entregado a la Orden de S. Jerónimo, állí establecida hasta 1834. Sobrevivió al terremoto de 1755 pero sufrió daños de las tropas francesas invasoras enviadas por Napoleón Bonaparte al inicio del siglo XIX.

Incluye, entre otros, los túmulos de los reyes D. Manuel I y su mujer, Dª. Maria, D. João III y su mujer Dª. Catarina, D. Sebastião y D. Henrique y aún los de Vasco da Gama, de Luís Vaz de Camões, de Alexandre Herculano y de Fernando Pessoa.

Los elementos decorativos están repletos de simbología del arte de la navegación y de esculturas de plantas y animales exóticos.

En una extensión construida en 1850 está localizado el Museo de Arqueología. El Museo de la Marina está situado en el ala oeste.