A região de Alcoutim, que as pesquisas arqueológicas confirmam ter ocupação humana desde a pré-história, foi conquistada aos árabes no reinado de D. Sancho II, por volta de 1240, dando-se inicio à construção de um novo castelo, já que esta povoação não tinha defesas, os árabes tinham uma fortaleza mais a norte.

Durante a Guerra da Restauração da independência portuguesa, depois de 1640, o rei D. Afonso VI, melhorou as defesas do castelo, que já no reinado de D. Dinis, em 1304, tinha sido ampliado.

Esta fortificação chegou ao século XX, bastante arruinada, teve obras de consolidação e restauro, da responsabilidade da, Direcção-Geral dos Edifícios e Monumentos Nacionais, foi classificado como Imóvel de Interesse Público, já em 1993, e actualmente funciona no seu interior um museu de arqueologia.