A região de Lagos foi ocupada por povos desde a pré-história, supondo-se que as defesas da cidade de Lagos, tiveram início com os romanos, depois ocupada por visigodos e muçulmanos.

 No âmbito da Reconquista Cristã da Península, D. Sancho I conquistou Lagos por volta de 1189, mas os muçulmanos voltariam a toma-la e só no reinado de D. Sancho II, seria definitivamente recuperada aos árabes.  

Lagos teve um papel importante nos período dos descobrimentos portugueses, daqui partiram, em 1419, as naus que descobriram a Madeira, em 1427, para a descoberta do dos Açores e em 1434, partiu de Gil Eanes, para dobrar o cabo Bojador, mas também em 1415, saiu a expedição para a conquista de Ceuta e em 1458 e 1472, para a conquista de Alcácer-Ceguer, Arzila e Tânger.  

Por volta de 1642, durante a Guerra da Restauração, foram reforçadas a defesas do castelo, cuja estrutura viria a ser muito afectada pelo terramoto de 1755. O sistema defensivo de Lagos, com poucos vestígios da fortificação medieval, está classificado como Monumento Nacional.