Santarém já era povoada no século VIII a.C. com a construção da sua primeira fortificação na época da ocupação romana, que vândalos e visigodos conquistaram e seria subjugada já no século VIII, pelos muçulmanos.

D. Afonso Henriques conquistou este castelo aos árabes, em 1147, aceitando-se a probabilidade de o ter entregue à Ordem do Templo. Santarém suportou, nos séculos seguintes, várias investidas dos exércitos árabes, mas conseguiu sempre repelir esses ataques.

Durante a crise iniciada em 1383, com morte do rei D. Fernando, D. Leonor Teles, pede a ajuda de Castela e refugia-se em Santarém, mas com a vitória da causa portuguesa, as forças castelhanas abandonam o castelo em 1385.

Santarém ficou marcado pela morte do filho de D. João II, que caiu do cavalo quando cavalgava pelas margens do Tejo, o que afastou a corte e fez perder importância à vila de Santarém.

No contexto da Guerra da Restauração, depois de 1640, D. João IV, mandou fazer obras de adaptação da fortaleza para o uso de artilharia. Com a perda da importância deste tipo de construções militares e a expansão urbana, uma grande parte da fortificação medieval foi desaparecendo, a partir do século XIX.

Classificado como Imóvel de Interesse Público, o que resta do castelo medieval tem vindo ser alvo de obras de conservação.