Situada no Largo da Sé, a Igreja Matriz de Santa Maria ou Sé Catedral de Faro, foi mandada construir após a Reconquista Cristã, no final do século XIII, por D. João Viegas, Arcebispo de Braga.

Foi pertença da Ordem Militar de São Tiago, que no século XV, lhe introduziu algumas alterações, com a construção de duas capelas góticas e novo piso na torre fronteira à fachada principal.

Em 1596, com a invasão das tropas inglesas, que saquearam e incendiaram a cidade, foi necessário reconstruir a Igreja, que com o terramoto de 1755, voltou a necessitar de obras.

Da traça inicial, mantém-se a torre da frontaria e o portal ogival, as capelas laterais, o órgão barroco e um retábulo maneirista em talha, são obras mais recentes.