O Forte de São João Batista, começou a ser construído em 1570, no reinado de D. Sebastião e viria a ser melhorado por ordem do rei D. João IV, depois da restauração da independência portuguesa, em 1640.

Esteve envolvido nas Revoltas Liberais, em 1832, e mais tarde com a perda de interesse militar, funcionou como prisão para presos políticos.

Já no século XX, devido ao seu marido fazer parte da guarnição, nele residiu, Florbela Espanca, a poetisa portuguesa que para além da sua obra literária, é considerada a precursora do movimento feminista em Portugal.