A origem da Quinta dos Aciprestes remonta ao século XIII, quando toda aquela zona estava incluída na «Herdade da Ninha de Ribamar».
Mais tarde no século XVII, esta propriedade foi designada por «Casal Grande». O nome Quinta dos Aciprestes surgiu só no início do século XVIII.
A Quinta foi doada por D. José I a Alexandre de Gusmão, irmão de Bartolomeu de Gusmão (o inventor da «passarola»), Cavaleiro da Ordem de Cristo e Fidalgo da Casa Real. Já no século XIX, a propriedade tinha pertencido ao Visconde de Rio Seco.
O palácio sofreu grandes danos com o terramoto de 1755.
Depois de totalmente reconstruído, sofreu nova intervenção em 1960, restando pouco do seu traçado original, à excepção da capela, outrora dedicada a Nossa Senhora do Rosário. Aqui destacam-se o altar em madeira policroma e os painéis de azulejo do século XVIII.
O palácio e o reduzido espaço à sua volta, albergam hoje a sede da Fundação Marquês de Pombal.