La legendaria Iglesia de São Roque está situada en pleno Barrio Alto, en la plaza Trindade Coelho, también conocida por "Largo da Santa Casa", en pleno centro histórico de la cosmopolita Lisboa. 

La Iglesia empezó a construirse en 1506, junto a un cementerio donde se enterraban los que morían de peste, situado ya fuera de las murallas de la ciudad,  dedicada a São Roque, protector de la peste.
Aquí se instituyó la Hermandad de São Roque, con estatutos propios, y en 1553 se instala la Compañía de Jesús que edifica sobre la construcción anterior la estructura visible hoy en día, manteniendo la Capilla de São Roque en el interior.
En 1768, la Compañía de Jesus es expulsada del territorio portugués, quedando la Iglesia de São Roque y los respectivos bienes con la Misericordia de Lisboa, hoy están expuestos en el Museo de Arte Sacra de São Roque, al lado de la Iglesia.

La Iglesia, de acuerdo con la tipología jesuita presenta una fachada sobria y austera, y un amplio y rico espacio interior, Maneirista, compuesto por ocho capillas, agrupadas de cuatro en cuatro, profusamente decorada la talha dorada y mármol, dada la protección del magnánime Rey D. João V.

El plano de la Iglesia es autoría del conceptuado arquitecto Filipe Terzi, el techo de la Iglesia constituye el único ejemplar que queda, en Lisboa, de los famosos techos pintados del periodo Maneirista, atribuido a los pintores Francisco Venegas y Amaro do Vale.